กองบัญชาการตำรวจปราบปรามยาเสพติด มีประวัติความเป็นมาและวิวัฒนาการอย่างต่อเนื่อง โดยเริ่มตั้งแต่ พ.ศ. ๒๕๐๔ กรมตำรวจได้มีการจัดตั้งกองกำกับการ ๗ ในสังกัดกองปราบปราม กองบัญชาการตำรวจสอบสวนกลาง มีหน้าที่ในการสืบสวนสอบสวนและปราบปรามยาเสพติดเป็นการเฉพาะ ต่อมากรมตำรวจได้มีคำสั่ง ๑๑๗๒/๒๕๑๖ ลงวันที่ ๑๒ พฤศจิกายน ๒๕๑๖ แต่งตั้งคณะกรรมการศูนย์ปราบปรามยาเสพติดให้โทษ (ศปส.ตร.) โดยมีสำนักงานคณะกรรมการศูนย์ปราบปรามยาเสพติดให้โทษ กรมตำรวจ ใช้ชื่อย่อว่า “สำนักงาน ศปส.ตร.” ทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางในการอำนวยการและประสานงานการสืบสวนปราบปรามยาเสพติดกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งภายในประเทศและระหว่างประเทศ และต่อมาในปี พ.ศ.๒๕๑๖ กองบัญชาการตำรวจนครบาล ได้มีคำสั่งให้จัดตั้งหน่วยปราบปรามยาเสพติดนครบาล (นปส.น.) ขึ้นเพื่อช่วยรองรับภารกิจการปราบปรามยาเสพติดในเขตพื้นที่เมืองหลวง (กรุงเทพมหานคร)
พ.ศ.๒๕๓๓ รัฐบาลได้ตระหนักถึงสภาพปัญหายาเสพติดที่เริ่มมีการขยายตัวเพิ่มขึ้น จำเป็นต้องเพิ่มประสิทธิภาพในการดำเนินงานป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติด เพื่อสามารถยุติสถานการณ์ปัญหายาเสพติดให้ได้โดยเร็ว และไม่เป็นภัยคุกคามต่อประเทศชาติและสังคม รองนายกรัฐมนตรี (นายพงส์ สารสิน) ประธานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามยาเสพติด จึงได้มีบันทึกลงวันที่ ๓๐ กรกฎาคม ๒๕๓๓ กราบเรียนนายกรัฐมนตรี เพื่อมอบหมายให้กระทรวงมหาดไทยพิจารณาจัดตั้งสำนักงานปราบปรามยาเสพติด กรมตำรวจ ซึ่งนายกรัฐมนตรีได้มีบัญชาเมื่อวันที่ ๖ สิงหาคม ๒๕๓๓ เห็นชอบให้กระทรวงมหาดไทยพิจารณาและกระทรวงมหาดไทยได้มอบหมายให้กรมตำรวจ พิจารณาเหตุผลและความจำเป็น กรมตำรวจได้พิจารณาแล้วเห็นว่าเพื่อให้มีบุคลากรในการปฏิบัติงานป้องกันและ ปราบปรามยาเสพติดอย่างมีเอกภาพ ตลอดจนสามารถพัฒนาบุคลากรให้มีองค์ความรู้และทักษะ เพื่อรองรับสถานการณ์ปัญหายาเสพติดในอนาคต จึงจัดตั้งหน่วยงานเทียบเท่ากองบัญชาการ โดยใช้ชื่อว่า “สำนักงานปราบปรามยาเสพติด” มีภารกิจหน้าที่รับผิดชอบในการดำเนินงานป้องกันและปราบปรามยาเสพติด ตามอำนาจ หน้าที่ของกรมตำรวจและในการประชุม ก.ตร.วิสามัญ ครั้งที่ ๓/๒๕๓๓ เมื่อวันที่ ๒๗ กันยายน ๒๕๓๓ ได้มีมติอนุมัติให้สำนักงานปราบปรามยาเสพติด กรมตำรวจ แบ่งส่วนราชการออกเป็น ๔ ส่วน (เทียบเท่ากองบังคับการ) คือ ส่วนอำนวยการและส่วนปราบปรามยาเสพติด ๑-๓ พร้อมกับกำหนดตำแหน่งให้ทั้งสิ้น ๒๘๖ ตำแหน่ง ซึ่งได้พิจารณาข้าราชการตำรวจที่ปฏิบัติงานในกองกำกับการ ๗ กองปราบปราม กองบัญชาการตำรวจสอบสวนกลาง และชุดปราบปรามยาเสพติดของกองบัญชาการตำรวจนครบาล และ ศปส.ตร. มาดำรงตำแหน่งเป็นส่วนใหญ่
พ.ศ.๒๕๓๕ ได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย (ฉบับที่ ๑๘) พ.ศ.๒๕๓๕ ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๐๙ ตอนที่ ๑๐ ลงวันที่ ๑๔ กุมภาพันธ์ ๒๕๓๕ จัดตั้ง “กองบัญชาการตำรวจปราบปรามยาเสพติด” โดยได้กำหนดให้กองบัญชาการตำรวจปราบปรามยาเสพติด แบ่งเป็น ๔ กองบังคับการ คือ กองบังคับการอำนวยการ กองบังคับการตำรวจปราบปรามยาเสพติด ๑ และ ๒ กองบังคับการสอบสวน ต่อมาพระราชกฤษฎีกาดังกล่าว ได้ถูกยกเลิกโดยพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย พ.ศ.๒๕๓๙ ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๑๓ ตอนที่ ๕๒ ก ลงวันที่ ๒๑ ตุลาคม ๒๕๓๙ โดยได้กำหนดให้กองบัญชาการตำรวจปราบปรามยาเสพติดแบ่งเป็น ๔ กองบังคับการเช่นเดิม แต่ได้มีการจัดตั้งหน่วยงานเพิ่มขึ้นเป็นการภายในเทียบเท่ากองกำกับการ โดยไม่มีพระราชกฤษฎีกา คือ กลุ่มงานวิเคราะห์ข่าว อยู่ในสังกัดกองบังคับการอำนวยการ และฝ่ายอำนวยการ อยู่ในสังกัดกองบังคับการตำรวจปราบปรามยาเสพติด ๑ และ ๒
ต่อมาในปี พ.ศ.๒๕๔๘ ได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.๒๕๔๘ และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการเป็นกองบังคับการ พ.ศ.๒๕๔๘ กำหนดให้กองบัญชาการตำรวจปราบปรามยาเสพติด แบ่งเป็น ๕ กองบังคับการ ๑ ศูนย์การข่าว และ ๑ ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ คือ กองบังคับการอำนวยการ กองบังคับการตำรวจปราบปรามยาเสพติด ๑-๓ กองบังคับการสอบสวน ศูนย์การข่าว (หัวหน้าหน่วยระดับรองผู้บังคับการ) และศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ (หัวหน้าหน่วยระดับผู้กำกับการ) และในปี พ.ศ.๒๕๕๒ ได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.๒๕๕๒ และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการเป็นกองบังคับการหรือส่วนราชการอย่างอื่นในสำนัก งานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.๒๕๕๒ กำหนดให้กองบัญชาการตำรวจปราบปรามยาเสพติด แบ่งเป็น ๖ กองบังคับการ และ ๑ กองกำกับการ ขึ้นตรง ได้แก่ กองบังคับการอำนวยการ กองบังคับการตำรวจปราบปรามยาเสพติด ๑-๔ กองบังคับการข่าวกรองยาเสพติด และกองกำกับการปฏิบัติการพิเศษ จนกระทั่งในปี พ.ศ.๒๕๕๖ ได้มีกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการเป็นกองบังคับการหรือส่วนราชการอย่างอื่นในสำนัก งานตำรวจแห่งชาติ (ฉบับที่ ๒) พ.ศ.๒๕๕๖ กำหนดให้กองบัญชาการตำรวจปราบปรามยาเสพติด แบ่งเป็น ๗ กองบังคับการ และ ๑ กองกำกับการ ขึ้นตรง ได้แก่ กองบังคับการอำนวยการ กองบังคับการตำรวจปราบปรามยาเสพติด ๑-๔ กองบังคับการข่าวกรองยาเสพติด กองบังคับการสกัดกั้นการลำเลียงยาเสพติด และกองกำกับการปฏิบัติการพิเศษ โดยมีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
๑. เป็นฝ่ายอำนวยการด้านยุทธศาสตร์ให้สำนักงานตำรวจแห่งชาติในการวางแผน ควบคุมตรวจสอบให้คำแนะนำและเสนอแนะการปฏิบัติงานตามอำนาจหน้าที่ของกองบัญชาการตำรวจปราบปรามยาเสพติดและหน่วยงานในสังกัด
๒. ปฏิบัติงานตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา กฎหมายอื่นอันเป็นความผิดเกี่ยวกับยาเสพติดและกฎหมายอื่นอันเกี่ยวกับความผิดทางอาญาทั่วราชอาณาจักร
๓. ดำเนินการเพื่อให้มีการยึดหรืออายัดทรัพย์สินตามกฎหมายที่เกี่ยวกับการยึด หรืออายัดทรัพย์สินที่ได้มาเนื่องจากการกระทำความผิดเกี่ยวกับยาเสพติด
๔. ป้องกันและปราบปรามยาเสพติดทั่วราชอาณาจักร
๕. ประสานความร่วมมือกับหน่วยงานของรัฐหรือองค์กรอื่นที่เกี่ยวข้องกับงานป้องกันและปราบปรามยาเสพติดทั้งภายในประเทศและระหว่างประเทศ
๖. ปฏิบัติงานร่วมกันหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย