กองบังคับการตำรวจปราบปรามยาเสพติด 3 มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับการป้องกันและปราบปรามยาเสพติดในเขตพื้นที่ ตำรวจภูธรภาค 1, 5 และ 6 การสืบสวนสอบสวนคดีอาญาเกี่ยวกับยาเสพติดและคดีตามกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง ตลอดจนคดีอื่นๆที่มีโทษทางอาญาทั่วราชอาณาจักร และสืบสวนสอบสวนคดีเกี่ยวกับการยึดหรืออายัดทรัพย์สินที่ได้มาเนื่องจากการ กระทำความผิดเกี่ยวกับยาเสพติด แบ่งออกเป็น 5 กองกำกับการ ดังนี้
1.ฝ่ายอำนวยการ
2.กลุ่มงานสอบสวนและตรวจสอบทรัพย์สิน
3.กองกำกับการ 1 (รับผิดชอบ พื้นที่ ภ.1)
4.กองกำกับการ 2 (รับผิดชอบ พื้นที่ ภ.5)
5.กองกำกับการ 3 (รับผิดชอบ พื้นที่ ภ.6)