กองบังคับการสกัดกั้นการลำเลียงยาเสพติด มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับการปฏิบัติตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญาที่เกี่ยวกับการสืบสวนปราบปรามยาเสพติดและกฎหมายอื่นที่มีโทษทางอาญาที่เกี่ยวข้องในเขตพื้นที่รับผิดชอบ ตลอดจนสืบสวน รวบรวม ประมวลผลและวิเคราะห์ข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับการลักลอบลำเลียงยาเสพติด โดยเฉพาะบุคคลหรือยานพาหนะที่ต้องสงสัย จัดทำฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับการลำเลียงยาเสพติด รวมถึงพัฒนาและจัดหาเครื่องมือพิเศษเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการสกัดกั้นการลำเลียงยาเสพติด แบ่งออกเป็น 5 กองกำกับการ ดังนี้
1.ฝ่ายอำนวยการ
2.กองกำกับการ 1 (รับผิดชอบ พื้นที่ น. , ภ.1 และ ภ.7)
3.กองกำกับการ 2 (รับผิดชอบ พื้นที่ ภ.2 , ภ.3 และ ภ.4)
4.กองกำกับการ 3 (รับผิดชอบ พื้นที่ ภ.5 และ ภ.6)
4.กองกำกับการ 4 (รับผิดชอบ พื้นที่ ภ.8 , ภ.9 )